1784年（乾隆49年）7月23日，乾隆宠臣、尚书福康安（野史说乃乾隆之子）携超勇侯领侍卫内大臣海兰察率领京军健锐、火器两营2000余官兵抵达甘肃。此后，乾隆帝还任命阿桂为钦差大臣，福康安代理陕甘总督，五岱署理甘州提督。
为了把甘肃伊斯兰新教（哲赫忍耶）徒叛乱彻底镇压下去，清廷大量征调军队，除甘凉、延绥、京兵外，还飞檄调来四川屯兵、阿拉善蒙古马军、宁夏满汉八旗兵、撒拉族老教回军，总兵力超过万人。
《循化志》记载，阿桂、福康安、海兰察等人拟定的作战计划是：
“先将静宁、隆德两处贼匪剿尽，拨兵驻守……俟此两处贼匪洗尽，然后赴石峰堡设法堵剿”。
按此计划，清军分出少量兵力赴西线牵制、围堵石峰堡，而以主力围攻东线底店和蟠龙山，然后集中力量全力围攻石峰堡。
曾经围攻伏羌城受挫的鹿鹿山回众，于阴历六月初由马家营继续退却。云雾山一战，回军遭受失败，伤亡颇重，余众辗转进入石峰堡。清将傅玉、永安等率部屯扎石沟庄，石峰堡回军来攻，清军反击，双方互有死伤。到六月中旬，清军节节推进，已逼近石峰堡。这是西路之战况。
福康安接任陕甘总督后，即自静宁赶往隆德，与著名悍将海兰察共同部署，在各营中遴选出勇敢敏捷的“奋勇兵”和射术精良的“好枪手 ”3100名，准备向回众聚集的底店、蟠龙山发动进攻。
回军占据了底店周边的制高点，扎大营一座，在蟠龙山构筑3座大营，并在周围山梁上扎小营10多座。阳历7月27日，清军进抵底店，混进回民暴动军中的武举人马文焘偷偷派人向福康安递信乞降，使回军内部产生巨大隐患，还严重削弱了回军力量。
清军集中优势兵力，经一番苦战，将底店、蟠龙山回军据点全部攻占，回军被打死300多人，重要首领李可魁战死，张文庆被迫率残部退守石峰堡。形势对回变军极为不利。
血战石峰堡
清军攻夺底店、蟠龙山后士气高涨，嗷嗷叫着直扑石峰堡。据《循化志》记载，石峰堡地势险峻，位居通往伏羌、通渭、会宁、秦州、安定、巩昌等处的大路要隘，周边群山环抱，易守难攻。这座堡寨又建在顶峰处，四面大多为悬崖峭壁，十分险要。回民军在堡内挖筑深壕高垒，建有百余座窑洞；堡外有崎岖小路可通行，沟坎纵横重叠，外人很难辨识。回军在堡内储存了大量粮食、器械，并将家眷迁入堡内，精壮回众枕戈待旦，严密防守。
福康安、海兰察统率大军环攻石峰堡，回军居高临下，用滚木、石块、箭矢、火枪数次将清军击退。8月8日，曾剿灭苏四十三回变军的资深大臣阿桂抵达前线，经验丰富的他令各军：
“设法断其水道，用大炮轰击贼营，制造火弹，抛掷贼壕焚烧，令其不能藏身……然后合力进攻”。《兰州纪略》
8月10日，清军发起大规模进攻。回军面对数倍于己的清军，倒也奋死冲杀，“齐心死拒”。使清军伤亡惨重，却始终无法攻上山巅，只占得山下一小块地。此后一连数日发起强攻，却仍无进展。
清军不惜血本猛攻达半月之久，死伤不少将士，仍未得手，回军据险固守，居高临下，暂时具有一定优势。但因清军云集，层层封锁，且连日恶战，堡中减员也不轻，能挺枪作战者不过2000余人，老弱妇孺也多达2000余人，而水源也被清军截断，渐渐缺水，即使有干粮也难以下咽。山上虽挖有蓄水池，下雨才能蓄些水，对数千人来说是杯水车薪，所剩不多，眼看就要断水， 张文庆、马四娃等首领非常焦急。
回军派人趁夜下山取水，被清军察觉阻击，死伤者不少。《循化志》记载：
“其所蓄马骡，已有渴极滚跌下坎者”。
在此极度困境中，处于非常凶险困厄中的回军，虽然不愿屈服，毕竟无法长期困守。张文庆等商议后，决定先将眷属放出，以便突围。8月19日，回军放出男女老幼1500余人。老谋深算、狡黠多变的阿桂先同意纳降，又“恐仓猝生变”，竟派兵勇——
“将贼匪分作十人为一起，一面点名，一面正法……”。《循化志》
当夜就斩杀回变军家属500多人。夜深后，张文庆和杨填四率堡内守军向外直冲，马四娃等提火铳在后掩护，越过清军所挖深壕，猛冲猛打，奋死突围。清军早有防范，见回军冲出，遂从外侧团团围过来，枪子齐发，箭矢如雨，死命截杀，回军血拼好几个时辰，上千人被打死在山下壕沟内、溪涧旁，尸积如山，血流成河，战况异常惨烈。
混战中，回首张文庆被一枚流矢击中，见很难突出重围，只得与马四娃等又退回到石峰堡内。天刚破晓，数千清军聒噪着蜂拥而上，冲进堡内搜杀，剩余回军人困马乏，带伤者不在少数，无力抵挡，共有700多人被清军生俘。张文庆、马四娃、杨填四等回首皆在被俘者的行列中。天大亮后，阿桂一声令下， 已验明正身的张文庆、杨填四、马四娃、黄明（即黄阿訇）、马良茂、马建成、马金玉、杨存义、马保全等回首被凌迟处死，其余700余人亦被分批斩首。至此，号称固若金汤的石峰堡陷落 ，田五、张文庆领导的回民暴动惨遭失败。
斩草除根
清军照例在扑灭这次回民动乱后进行了大屠杀。早在回军起事之初，李侍尧就急忙率军赶赴盐茶厅（今宁夏海源）——
“将田五之母、妻、子、侄女等四十九名口，绑赴市曹处斩”。《循化志》
随后李侍尧又在靖远将数百参与起事者及其眷属“无分男女少长一概骈除”。
平定田五、张文庆之乱后——
“（安定官川）回民杂居，回人约有600余户，从贼者居其半，俱经歼戮净尽，现存300余户”。《皋兰县志》
另张文庆所居马营草芽沟，马四娃所居寺子川和底店等处“贼匪”及其家属，也全部被“剿洗”，人烟灭绝，村落为墟， 鸡犬不鸣， 房舍财产灰飞烟灭。
那么，清军究竟屠杀了多少回军和普通回民？可以从阿桂呈给清廷的奏报中得到答案：
“查此次石峰堡拿获正法人犯一千四百余名，底店先后投出正法人犯一千六百二十一名，李侍尧等拿获正法贼犯四百七十六名，又底店攻战杀贼三百四十余名，石峰堡打仗前后杀贼一千七百余名，各处搜山官兵拿获贼匪当即正法者一千余名；又前经五岱、李侍尧、刚塔等打仗杀贼一千四百五十余名；又陆续擒获贼回即于军营正法四百九十七名。通计拿获正法及打仗杀死贼回共八千余名；又李侍尧、刚塔等歼戮逆回妇女一千余名；此外尚有各州县拿获正法，并现在监禁候訊，应行正法人犯一千余名”。《循化志》
总之，灭杀回众共11000余名。此外，田五、张文庆之乱平定后，清廷又将从石峰堡、底店掳获的回民妇女、幼儿4100余口，分赏给八旗、绿营官兵、川勇、撒拉族老教番兵1900余口，其余“逆回家眷”分别发遣江宁、杭州、福州、广州，“赏给该省官员兵丁为奴”。同前次镇压苏四十三回乱一样，这次对参与起事的回众仍然采取严酷镇压的手段， 使当地回民遭受了一次更大劫难。
