2009年，苏州工业园区委托苏州市考古研究所进行“草鞋山遗址保护规划”的前期工作，对草鞋山遗址进行全面考古调查勘探。通过本次调查，遗址范围较原有面积有所扩大。且在调查过程中，发现正在进行的“园区夷陵河驳岸工程”建设在将划定的遗址范围内，为此，配合工程申请抢救性发掘。
在夷陵河驳岸沿线建设范围内，我所通过考古勘探调查确定三处发掘点，从9月中旬至12月中旬配合工程进行抢救性发掘，除清理部分河道范围内的几处水井外，此次发掘共布方8个，合计发掘面积300㎡左右。
本次发掘共清理墓葬20座，房址1座，灰坑22个，水井17口，共出土文物219件。
灰坑和水井主要位于面店河与横泾港之间的东部，时代主要从东周至良渚时期，其中J7为良渚文化时期，出土灰陶罐2件、黑皮陶宽把杯1件。
J7出土灰陶罐、黑皮陶宽把杯
此次调查，对遗址范围内早期文化分布情况，已大致调查清楚，为该遗址保护规划的制定，提供了科学的依据。草鞋山地区从马家浜时期开始，就一直有人类在此地生活，可谓文化连绵不断源远流长。在清理的崧泽文化晚期墓地中，最多的墓随葬22件器物，最少的无随葬品，多数为10件以下，说明崧泽晚期已经出现了明显的社会分化，崧泽文化的考古学研究对长江下游文明起源模式的研究有着关键性作用。