1867年，在鄂、豫、皖、鲁之间转战数千里的东捻军被李鸿章淮军围困于黄河南岸、运河东岸、胶莱河西岸和六塘河北岸的区域内，始终无法破围而出，首领之一的任化邦（任柱）战死于江苏赣榆，主力亦遭团灭。另一首领、原太平天国遵王赖文光率千余百战老兵强行突围后渡过六塘河向南狂奔，清军紧追不舍。1868年1月，东捻军残部覆没于江苏扬州瓦窑铺，赖文光被俘后惨遭凌迟处死。
捻军曾在1865 年5月的山东曹州（菏泽）之战中全歼清军中最精锐的蒙古科尔沁马队，击毙满蒙贵胄、科尔沁郡王僧格林沁，后又屡次挫败湘、淮军，突破运河防线上的“长墙工事” ，震慑清廷。1866年秋季，捻军在河南许州（许昌）分为东、西两部 ：西捻军首领为张宗禹、张禺爵，远赴西北“往联回众” ；赖文光、任化邦率东捻军留在中原，继续与清军周旋、作战。东捻军覆没前，远在陕北的西捻军闻讯东下救援，强渡黄河，于1868年深入华北，牵制了大量清军，旋即又北上，兵锋直逼天津，其前锋直达距京师仅咫尺之遥的拱北城卢沟桥一带，清廷震恐。
被捻军击毙的蒙古科尔沁郡王僧格林沁
以后大量清军云集京畿，西捻军突围南下，强渡大运河东窜，在清军的围追堵截下进入李鸿章精心设置的包围圈中：这处狭长地带北有减河、南有黄河、西有运河、东靠大海，李鸿章、左宗棠在此筑有长墙并设有重兵，西捻军遂被围困其中。当时直鲁平原正值雨季，大雨滂沱， 无休无止，洪水泛滥，千里泥泞，西捻军的骑兵陷于泥淖中无法驰骋，其转战效率、进攻威力均大打折扣。
5月17日，同治帝以被围的西捻军主力距李鸿章大营较近，遂将前线诸军改由李鸿章节制，而左宗棠作为剿办西捻军之统帅，仅率五千亲兵队“就近檄剿” 。由此可见，清廷对左宗棠剿捻的战果并不满意。尽管从统帅变为裨将，左宗棠并未计较，依然忠心耿耿，一再向清廷提出建议。他率亲兵扼守运河以西时曾上奏朝廷，认为捻军在南边得逞后势必北窜，若等他们驰抵北边后再设防，必然落后于西捻。他建议清廷到时重用楚军刘松山、金运昌等人，变尾追为拦头横截，使清军变被动为主动。
7月20日，左氏又在一份奏折里向清廷建议宽宥、疏散投诚“捻匪”人员，根据“贼无不灭之理，亦断无尽杀之理”之原则，主张对缴械投降的捻子免于杀戮，遣返原籍，如果能改过自新且没有违犯，地方官不得翻旧案为难这些弃恶从善之人；至于对仍旧负隅顽抗的捻子兵团，我军应从严盘查，严厉进剿，但对放下武器者绝对禁止擅自杀戮。（铁马作品，严禁搬运、剽窃）清廷采纳其招抚之议，禁止擅杀降人 。
8月14日，左宗棠在先后就抚的七千多捻子中遴选出年轻精壮者留营效力，其实就是与西捻军作战时用为前驱，“疲困老弱者暂留老营编入队伍（战后遣返回籍） ” ，被捻军强掳的妇女孩童则问明籍贯后发给盘缠命人送返家乡。
就在左宗棠收编、遣散降抚捻军人员时，李鸿章则统领淮军与其他各路清军、民团积极进剿，西捻军左冲右突，奋死冲杀，却始终无法撕破一道口子跳出包围圈。
7月中旬，淮军周盛波、刘铭传等部在直隶（河北）沧州府吴桥县击败西捻军，阵毙千余捻军士卒，伤者倍之。7月下旬，郭松林、潘鼎新率淮军联合豫军宋庆、张曜等部又在山东商河、济阳等地与西捻军骑兵交锋，接连大败人困马乏的西捻军，斩获可观。7月底，李鸿章亲自督军将西捻军围困于茌平（今聊城茌平区）。捻军组织好几次突围均遭失败 。8月，清军发起四面环攻，捻军始终无法脱困，溃败于茌平南镇， 最终全军覆没，张宗禹见大势已去，奋力跳入徒骇河“穿秫凫水，不知所终（一说未死，脱困后藏匿直隶沧县民间，20年后病殁于沧县东北孔家庄）”。剿捻战事至此终于落下帷幕。
镇压西捻军后，清廷论功行赏，李鸿章以剿灭西捻首功，赏加太子太保衔，授湖广总督、协办大学士；左宗棠位居功臣第二，仅赏加太子太保衔，交部照一等军功议处。
李鸿章、英翰、丁宝桢等人领赏时皆兴高采烈， 唯独左宗棠闷闷不乐。攻伐西捻军本是清廷交给他老左的任务，如今竟让李鸿章抢得头功，他不免感到窝囊透顶，但一想到老李提出的“设长围以困之，就地圈制”的办法确实奏效，最终彻底剿灭了西捻军立下首功，他只能强忍不快，跪地谢恩领赏……。
