在《三目童子》这款游戏风靡之前，我们就已经观看过它的动画片了。
所以，即便我们在游戏里看不懂日文，也对其故事背景一清二楚。漫画和动画存在诸多差异，不过大致意思是相近的。漫画有着多种结局，而在动画中我们只能看到最为完美的那一种。
游戏中登场的 BOSS，在漫画里也都有出现，并且都是在漫画中留下浓重笔墨的人物。
一关 BOSS
哥布林男爵
一个贪婪且狡猾的阴谋家，他自称是三目族后裔中的贵族，擅长投掷飞镖。在游戏中，这也是他唯一的攻击方式。
在漫画和动画中均有露面，为获取三目族的宝藏而找上写乐，在漫画里他称写乐是他的外甥。
他的第三只眼在最终死亡时才显现出来。
三目族的设定其实和赛亚人类似，没有受到地球人的感化，全都是极端分子。
第二关
团球根（后期叫：超进化球根）
这是古代三眼族人制造出来造福族人的异形植物。它生长于地下，可以随意控制其他植物为三眼族培育食物，然而历经长年累月的生长，它开始拥有自我意识，并吸收了三目族的邪恶根性，最终反叛三目族，企图消灭人类并主宰世界。
写乐经过多年查找，发现三目族被灭族的罪魁祸首正是它。
发展到后来，它能够控制地球任何地方的植物，无处不在，即便是悬崖峭壁也难逃它的追踪。
在漫画和动画中，它的弱点是海水，最终被写乐引来的海水雨消灭。但是，被一个三目族小女孩萌黄救活了半颗种子，最后再度复出成为最终 BOSS 超进化球根，甚至不再惧怕盐水，已然没有敌手，最终在和登的劝说下暂时隐退百年。
在游戏中无需海水，直接硬拼，动漫中最强的最终 BOSS 竟然被安排在第二关。
第三关
引力机器
三目族当年的文明极为发达，这台机器同样是古三目族的遗产，能够制造异常的引力。
它能够控制婴儿，妄图统治世界，不过毕竟只是程序，没有太多的心计。
针对写乐设下的各种关卡都被轻松破解。
第四关
幽灵
实际上它并非真正意义上的幽灵，其本体是一种能发光的虫子，众多虫子组合在一起便形成了类似幽灵的生物。
在游戏中我们也能够看到，当它处于虫子状态时玩家无法攻击它，当它变成实体时玩家就能够进行攻击了。
这种小虫的叮咬会使人神经麻痹，受害者被叮咬后意识模糊，跟随它们进入沼泽，成为沼泽里幼虫的食物。
这一章节曾是童年的阴影，不过如今的小孩想要看到如此经典的动画片或许相当困难了。
第五关
古代魔神机器人
古代三目族王国雷姆利亚的超级杀人武器，现代文明的武器与之相比根本望尘莫及。这个机器人几乎没有弱点，最后被魔弹球唤起良知，自行消解了。
在游戏中，只有嘴巴那一处能够攻击，其他部位全部无效。
最终 BOSS
哥达尔王子
他是古三目王国的统治者，是个残暴冷酷的家伙（和贝吉塔的设定相仿）
仅剩下一个魂魄，却依旧不屈不挠地想要征服世界，他的魂魄曾经控制过和登的身体。
他由于没有肉体，能力下降，被写乐击败，动画的最后变成了猫。
