发生于崇祯九年（西元1636）正月间的滁州之战，因明军大举来援，内外夹攻，实力最强的闯王高迎祥部损失惨重，其精锐兵力死伤殆尽，他和张献忠、罗汝才等不得不率残部分头突围，随后间道窜回河南。
卢象升、洪承畴对高迎祥的行踪密切关注，对其穷追猛打。有个叫常自裕的给事中上书崇祯帝， 说当今首要任务是要剿灭逆闯高迎祥，而卢象升和洪承畴近来取得的一些胜利都是小胜。他在奏疏中说：
“流寇数十万，最强无过闯王。 彼多番（少数民族）、汉降丁，坚甲铁骑。洪承畴、卢象升即日报斩获，不过别营小队耳，于闯势曾无损也”。《明史》
意思是卢象升、洪承畴近日奏报的歼敌战果，大多是闯王高迎祥的偏师，其主力并未受损，势力未衰减，只能算小胜。他建议，“秦贼 ”由陕西巡抚负责剿灭，活动于河南的“流贼” 则由河南巡抚负责镇压，洪承畴、卢象升则“督理两臣宜令专图闯王（高迎祥）”。为了严防高迎祥再次逃逸，应责令相邻各省加强防范，加强武备，布设天罗地网——
“猎兽合围，则贼自无所逃，贼渠歼，而余贼自成破竹矣”。
从常自裕奏疏内容可以清楚地看到，此刻十三家农民军中以闯王高迎祥实力最强，威望最高，明显高于李自成、张献忠等辈。也正因为如此，明廷把歼灭高迎祥作为当时头号作战目标。
高闯王的兵力在攻打滁州前约有5万人左右，且多明军降卒、卫所蒙古老兵，战力强悍，在滁州之战中遭明军猛将祖宽辽东兵的凌厉打击，伤亡惨重，特别是精锐铁骑几乎遭团灭，战后一清点，大约还剩两万余人。（铁马作品，严禁搬运、剽窃） 滁州之战后，馈入河南的高迎祥又在登封和裕州（今河南方城）七顶山一带遭明军围堵，连遭败绩，兵卒几乎“死逃略尽”，其兵力的战损异常惨重。
在右副都御史、兼管山、陕军务的卢象升的统一指挥、统一部署下，左良玉、陈永福、汤九州等骁将集中优势兵力专门对付高迎祥，围追堵截，不停追打，高迎祥疲于应对，连遭挫败，其余农军自顾不暇，无力救援，高迎祥只能孤军奋战了。在河南流窜了一个多月，高闯王的兵马又损失了十之六七。崇祯九年二月间，高迎祥和闯塌天刘国能等部被迫离开河南，南进到湖广的郧阳、襄阳一带，以躲避明军追剿。在郧阳的大山里休整了一个月，高迎祥又率队从湖广移师陕西汉中，在秦岭南麓一带活动。
李自成得知高迎祥回师陕西后，马上率部离陕北南来，与高迎祥会师于商南。随后，闯王、闯将联手前去攻打商州，不料途中遭明军伏击，伤亡惨重。（铁马作品，严禁搬运、剽窃）因损失过重，闯将李自成和蝎子块拓养坤、过天星张天琳等不得不率残部突围北撤，又辗转返回陕北，高迎祥则率部向西奔逃。
兵败子午谷黑水峪
崇祯九年夏七月，高迎祥率余部转移到盩庢（今陕西周至）以南二十里处的黑水峪。 黑水峪位于秦岭谷道子午谷中，此处正是当年魏延所提 “出子午谷直捣长安” 涉险出奇之地，后被诸葛亮以为过于冒险而否定 。千余年后，高迎祥又阴差阳错来到这里。高迎祥率部进至黑水峪，还未站稳脚跟，三边总督洪承畴和新任陕西巡抚孙传庭也率军尾随而至，双方遂混战于成一团。起初，高闯王部还取得了一场小胜，打死打伤数百明军将士，明参将李遇春也被农军击伤坠马，差点被俘。
恰在此时，天降大雨，连绵不歇，高迎祥只得率部退出战团，找地方避雨，部下们皆疲惫不堪，许多人还得了病，就连高闯王本人也疾病缠身，忽冷忽然，似乎是打摆子，他也只能强忍不适，强打精神撑着指挥战斗。将士接二连三病倒，就连老高也不能幸免，这一状况自然影响了农军的士气。这时，洪承畴、孙传庭又使出“招抚”之计，对处境不利的农民军进行分化瓦解。据史料记载，明军在农军阵地附近竖起两面大旗：一面白旗，一面红旗。明军派人喊话，说到白旗下表示愿意弃械投降，站到红旗下表示继续负隅顽抗。这一招果然起到了分化瓦解作用，不少意志薄弱、对前途丧失信心的农军士卒竟然跑到白旗下，向官军投降，甚至有好几个农军首领也暗中联络官军，准备率部受抚。譬如一斗谷、干公鸡等头目后来就率手下投降了官军。
高迎祥兵败被俘，惨遭凌迟处决
据《绥寇纪略》记载，高迎祥率部与明军连续激战了好几天，部下死伤颇重，处境愈发艰难。一日，官军趁雨后浓雾，从四面将农军阵地团团包围起来。在一片混乱中，高迎祥的战马不知被谁偷偷骑走，部下也大半逃散。见麾下将士或死或逃，或叛降官军，高闯王也毫无办法，只好一步一拐地向一个山洞跑去，藏匿在山洞里以躲避官军搜捕。（铁马作品，严禁搬运、剽窃） 后高迎祥被一女子出卖指认，遂被搜山官军俘获，彼时是崇祯九年七月二十日。
崇祯听说高迎祥被抓获的消息，很是振奋，下令立即解送京师凌迟处死，史载高迎祥被刽子手脔割了1560刀方才咽气， 死得惨烈。由于生俘高迎祥之功，洪承畴、孙传庭都各升一级。参加黑水峪之战的将领均获赏赐。
李自成继承闯王名号，兼并了高迎祥余部，遂成各路农军之雄长
高迎祥的败亡对陕西农军打击很大，不少农军首领顿感前景黯淡，纷纷向明军乞降。比如较著名的蝎子块、张妙手都先后受抚，其部众也被遣散回籍。不久，蝎子块拓养坤被孙传庭借故处死。这次变故，使农民军陷入低潮，严重地影响了他们的生存、发展。李自成得知亦师亦友的高闯王战败被磔杀的消息后，悲恸异常。和其他农军首领不同的是，李自成意志坚韧，毫不气馁，他拒绝就抚，继承了“闯王”名号，一些高迎祥旧部闻讯纷纷前来归附，他也因之成为各部农军盟主，率领大家继续与明军周旋。
