1636年，当漠南蒙古全面归顺皇太极时。漠北的喀尔喀蒙古正在与漠西的卫拉特蒙古进行着激烈的战争。
卫拉特在蒙古帝国时期也称斡亦剌，明时期称之瓦剌，清时期称之为卫拉特、额鲁特。
明时期蒙古
清时期蒙古
卫拉特本是 “林中百姓”，与游牧生活的蒙古本部本来就有差异。而在当年忽必烈与阿里不哥的汗位大战中，卫拉特人站队阿里不哥，结果被忽必烈打败。后来又支持窝阔台的孙子海都，继续与元政权对立。在海都又战败后，卫拉特依旧不改初心，并逐渐改变了生活习惯，从贝加尔湖和叶尼塞河上游的森林地区迁徙到杭爱山脉以西、唐努山脉以南的草原上定居，变成了“草原百姓”。
而在明时期其首领也先在位时，趁着朱棣亲征鞑靼，卫拉特也就是瓦剌，一度几乎控制了整个蒙古。但是在也先遇刺身亡后，卫拉特人被蒙古本部的达延汗打败，各个卫拉特的部落开始四散迁移，有的迁到河套、青海、哈密等地，有的翻越阿尔泰山，迁到哈萨克草原和额尔齐斯河中游一带。这一部分在本系列第2集《中兴之主达延汗》已经讲过，有兴趣的朋友可以点击观看。
此时较大的卫拉特部落有辉特、绰罗斯、土尔扈特、杜尔伯特、巴尔虎和巴图特，它们为了抵御达延汗及其后人的追击，结成了同盟，也称卫拉特联盟。
卫拉特联盟
此外，从科尔沁草原西迁的和硕特部也成为了卫拉特的一部分，因为和硕特部首领是成吉思汗弟弟的后裔，有黄金家族的血统，因此被推举为卫拉特联盟的盟长。
在16世纪晚期，蒙古本部的土默特、喀尔喀等部改信黄教后，有了宗教的加持，凝聚力更是不同往日。为了展示黄教的威严，早日统一蒙古，喀尔喀蒙古对卫拉特蒙古发动了战争。
1620年，绰罗斯部（即后期准噶尔部）的首领不顾卫拉特联盟其他部落的反对，率领4000多人进攻喀尔喀，结果被对方的7000骑兵击败。喀尔喀人乘胜追击，深入卫拉特牧地，卫拉特各部纷纷被击溃，有的逃向鄂毕河上游的俄国库兹涅茨克城。有的逃向额尔齐斯河中游的塔拉、鄂木斯克等俄国殖民地。
喀尔喀的骑兵则在后面紧追不舍，并先后攻占了库兹涅茨克和塔拉，同俄国的西西伯利亚总督府发生了正面冲突，俄方要求他们向沙皇称臣纳税，才可以留在这些地区放牧，这些都为后来同俄国的冲突埋下了伏笔。
这次喀尔喀和卫拉特的战争导致卫拉特各部四下溃散，各部属民们也顾不得之前的领地划分，能跑多远就跑多远。这直接在战争结束后引发了一系列的连锁反应，最终导致了土尔扈特部的西迁。
18世纪土尔扈特东归
比如有和硕特部的牧民在这次战争中逃往额尔齐斯河上游，进入了土尔扈特部的牧地。战争结束后，土尔扈特便顺理成章吞并了和硕特部的这一千户属民，导致双方发生混战，期间绰罗斯部站队土尔扈特部，杜尔伯特部则帮助和硕特部。混战结束后，土尔扈特部吃了大亏，对和硕特和杜尔伯特产生了深深的怨恨，于是决定远走他乡另寻出路。
1628年，土尔扈特部长赫鄂尔鲁克向卫拉特联盟的新任大汗图鲁拜琥（即固始汗）说明了出走的原因后，便带着五万户属民离开其牧地，一路向西，最终在伏尔加河下游定居（即今日俄罗斯联邦卡尔梅克共和国）。
土尔扈特部出走后，固始汗召集卫拉特各部首领，商讨卫拉特后续的发展路线。大家一致认为，卫拉特人现有的居住区夹在俄国、哈萨克和鞑靼（即蒙古本部）这三股强大势力之间，是没有什么发展余地了，只有南下，卫拉特民族才有发展的空间。
1629年，卫拉特人开始南下，向天山以北地区发动了进攻，很快消灭了当地的察合台后裔势力，拿下了这片土地。
此时卫拉特四部的分布情况为：杜尔伯特部居住在最北边的额尔齐斯河中游；和硕特部主要居住在伊犁和塔尔巴哈台；绰罗斯部（即后来的准噶尔部）居住在和硕特部的东边区域；辉特部居住在裕勒都斯河流域（今新疆南部巴音郭楞蒙古族自治州一带）。
卫拉特四部
卫拉特人敢于冒险的精神和勇气引起了西藏和喀尔喀的宗教领袖的关注。
当时在西藏和青海地区，佛教格鲁派（即黄教）与噶玛噶举派（即白教），为了争夺宗教领导权正在发生严重对立，格鲁派的代表四世班禅决定向信奉黄教的卫拉特四部求援。
1635年春天，固始汗化妆成香客来到拉萨，与达赖和班禅进行了秘密会谈，制订了出兵青藏的行动计划。
1636年，固始汗带领和硕特部的骑兵占领了青海地区，随后又在1638至1642年，先后出兵康区和西藏，在1642年最终攻克拉萨城，推翻了信奉白教的藏巴汗政权。
固始汗在青海和西藏建立了政教一体的和硕特政权之后，他自己和两个儿子坐镇西藏，在拉萨以北的达木地区长期驻扎重兵，同时派另外八个儿子驻牧于青海，以青海为其统治基地，并以康区的税收来供养青海的部众。
固始汗把康藏地区的军民、财宝都献给了年轻的五世达赖喇嘛，并把他从日喀则接到藏巴汗的都城拉萨，让其入主布达拉宫。还强行将全藏的噶玛噶举派寺庙都改信格鲁派，从此以后，黄教成为了西藏的最大宗教。
固始汗虽然以整个康藏地区的收入来供养黄教，但他同时设立了名为“第巴”的最高行政官员，且都由固始汗本人任命，黄教不得插手。因此西藏地区的政教合一政权，从本质上来说，其实是卫拉特蒙古和硕特部的政权，也称和硕特汗国，黄教只是其方便统治的工具罢了。