吴喜的部队到钱塘以后，孔璪和王昙生逃去了浙东，吴喜派了强弩将军任农夫率兵赶到黄山浦，叛军在岸边扎营，结果被任农夫打败。
黄山浦，就是渔浦，地处现在的萧山市西南处，富春江、浦阳江、钱塘江，三江之水汇集在此处，渔浦的东南面就是后黄山。
吴喜自己带兵渡过柳浦，攻占了西陵，击杀了庾业。（柳浦，地处现在的杭州市凤凰山下，是浙江南北的交通要津。）
会稽人大为惊惧，许多将士都逃亡了，孔覬根本没办法控制住这个局面。
上虞县令王晏起兵，孔覬逃奔到嵴山（据《南史》记载，孔覬的门生用小船载着他逃走，藏匿在嵴山村），车骑从事中郎张绥下令封住府库，等着吴喜。
王晏入城以后，杀掉了张绥，抓获了寻阳王刘子房，纵兵抢掠，府库全部被抢空，还杀了孔璪。
孔覬也被嵴山村的村民抓住，押送给王晏，本来王晏不想杀他，孔覬临死也不肯改节，王晏便下令杀了他。
顾琛、王昙生、袁标等人都向吴喜请罪，吴喜都赦免了他们，东叛军共有七十六名军主，除了战死的十七人以外，其余的人都被赦免了罪责。（这就为后面吴喜获罪埋下了伏笔）
邓琬生性贪婪阴暗，为人又吝啬，手握大权以后，他们父子开始卖官，日夜喝酒下棋，自大傲慢，内部事务都由褚灵嗣等三人处理，这些人开始拉帮结派，作威作福，将士百姓心生怨愤，上下离心。
邓琬派孙冲之率领龙骧将军薛常宝、陈绍宗、焦度等一万兵马为前锋部队，占据赭圻城。
在半路上，孙冲之写信给晋安王刘子勋，对他说一切工作都已准备完毕，可以直取白下（江宁界），可派陶亮率兵分别占据新亭、南州，一战可定。
刘子勋加封孙冲之为左卫将军，以陶亮为右卫将军，统领郢州、荆州、湘州、梁州和雍州的兵马，同时进兵。
陶亮本来就没什么谋略，他听说建安王刘休仁和殷孝祖的兵马已到，就不再敢进兵，屯军在鹊洲。（鹊头在宣城界，鹊尾在庐江界，鹊洲在长江中，是江流险要之处。）
殷孝祖自负对朝廷尽忠，受到宋明帝的厚待，开始欺侮其他的将领，朝廷军中有父子兄弟在寻阳的，殷孝祖都想将他们治罪，他这样的行为，让众人不想再为他效力，军心开始涣散。
宁朔将军沈攸之，他内抚将士，与其他将帅相处的也非常和谐，众人都很信赖他。
殷孝祖每次出战时，都随身带着云盖和战鼓，军中士兵就说了：殷统军真可谓是“死将”啊，与敌人交锋，他却带着这些东西暴露自己，如果有十名善于射箭的人一同射他，想不死都难。
公元466年三月，各路部队水陆并进攻打赭圻城，陶亮引兵救援，在交战中，殷孝祖被箭射死，军主范潜带着五百人归降了陶亮，朝廷军大为震惊，众人都举荐沈攸之替代殷孝祖为统帅。
当时建安王刘休仁屯兵在虎槛，他派宁朔将军江方兴、龙骧将军刘灵遗各自率领三千人赶往赭圻城支援。
沈攸之认为，殷孝祖战死，陶亮肯定会趁机取胜，如果第二天再不进攻，就会示弱于敌人了。
沈攸之又考虑到，江方兴和自己的名位不相上下，必定不肯屈居于下，未必服从自己，这样一来，军政就不统一，必定战败。
于是，沈攸之带着各位军主去拜访江方兴，对他说：如今四方起兵，朝廷所保的只有百里之地，现在殷孝祖战死，众人士气大丧，朝廷处于危险的境地。这次交战成败与否，明天一战是关键，如果战败，大事去矣。有人认为我应该当统帅，但是我很胆小，谋略也不如你。所以推举你为统帅，我们合作努力对敌。
江方兴听了沈攸之的这番话，非常开心，许诺定当奋力。
沈攸之出来以后，众将领都埋怨他这样做，沈攸之说：现在重要的是拯救国家，不能计较个人得失，况且就算我能对他让步，他未必肯向我让步。
孙冲之对陶亮说：殷孝祖这样的枭将，一战便死，天下大事已定，不需再战，可以顺流直取京师。陶亮没有听他的。
第二天，江方兴率领众将进战，建安王刘休二又派了军主郭季之、步兵校尉杜幼文、屯骑校尉垣恭祖、龙骧将军段佛荣等三万人支援，从凌晨战到中午，大破叛军，一直追到姥山而回。（巢湖姥山）
孙冲之在巢湖口和白水口修建了两座城防，被军主张兴世攻占。
陶亮听说以后，心中害怕，急召孙冲之回到鹊尾，留下薛常宝守赭圻城，之前在姥山的营寨也全部解散，兵力全部调回，共保浓湖。
打仗是需要经费的，朝廷国库不足，开始让百姓上缴钱粮，赐给他们荒县、荒郡、或者一些三品五品的散官作为交换。
军粮紧缺，建安王刘休仁抚恤将士，虽然物质条件不好，也能上下同心。
邓琬派豫州刺史刘胡率三万人，两千铁骑，屯守在鹊尾，加上陶亮和孙冲之的部队，共有十余万人马。
刘胡是老将，他勇健有谋略，屡次建有战功，将士都很畏惧他。
司徒中兵参军蔡那，他的子弟被刘胡拘禁在军中，每次出战，刘胡就下令把蔡那的子弟悬挂在城墙上，想阻止蔡那进兵，但是蔡那不顾这些，仍旧进兵。
吴喜平定了三吴地区以后，率领五千人带着物资，赶到赭圻支援，朝廷的兵力也渐渐强盛起来。
沈攸之率领部队围困赭圻城，薛常宝的部队军粮用尽，派人向刘胡求救，刘胡让人用囊装着大米，放在浮木和船中心，顺流而下支援薛常宝。沈攸之看到后很怀疑，派人截取了浮木和船，查获了粮食。
这个办法运粮失败，刘胡又带着一万人连夜开山道，用布囊装米支持薛常宝，第二天早上就送到了城外，不过中间还隔着一道小壕沟。
沈攸之趁机率兵出击死战，刘胡的部队大败，丢下粮食和兵器，沿山而逃，死伤惨重。
刘胡也带着伤逃回营地，薛常宝的部队惶恐不安，城内缺粮，只好开城突围，去投奔了刘胡。
沈攸之率众攻拔了赭圻城，斩杀了宁朔将军沈怀宝等人，收降数千人，陈绍宗逃去了鹊尾，建安王刘休仁从虎槛转移到赭圻城。
赭圻城虽然失守，刘胡的兵力还是很强盛的，宋明帝为了安抚众将士，派了吏部尚书褚渊去虎槛选用将士，论功授官。
邓琬以晋安王刘子勋的将令，召袁顗到寻阳，袁顗带着雍州的部队赶往寻阳。
邓琬以黄门侍郎刘道宪负责荆州事务，侍中孔道存负责雍州事务。上庸太守柳世隆乘虚袭击襄阳，没能成功。
散骑侍郎明僧暠起兵，攻打沈文秀以响应朝廷，宋明帝以明僧暠为青州刺史。
平原郡和乐安郡太守王玄默占据琅琊；清河郡和广川郡太守王玄邈占据盘阳城；高阳郡和勃海郡太守刘乘民占据临济城，纷纷起兵，响应朝廷。
沈文秀派军主解彥士攻占了北海，杀了刘弥之。刘乘民的堂弟刘伯宗，率领人马夺回北海，引兵攻打东阳城，结果被沈文秀打败，刘伯宗战死。
明僧暠、王玄默、王玄邈、刘乘民合力进攻东阳城，每次出战都被沈文秀打败，部队被打散又再次合兵攻城，结果仍旧被打败，如此十余次，仍旧不能攻破东阳城。
刘胡和沈攸之双方相持不下，邓琬就加封袁顗督领军事，袁顗带着千艘楼船，两万士兵，赶往鹊尾。
袁顗本来就没什么谋略，又生性怯弱，在军中不谈论兵事，只讲一些诗词歌赋，也不懂得抚恤将士，刘胡每次和他讨论战事，他都随便应付了事，因此大失人心，刘胡对他也是恨的咬牙切齿。
城中缺粮，刘胡就跟袁顗商量，借用襄阳的物资，袁顗不肯，又听信传言，说建康的粮价高，一斗价值数百。认为建康城将会不攻自破，自己只需拥兵坐等即可。
萧道成的儿子萧赜，他是南康郡赣县县令，邓琬派人将他收押，萧赜的门客桓康带着萧赜的妻子裴氏、儿子萧长懋、萧子良逃走，藏在山中，又与萧赜的族人萧欣祖等人聚集了一百多人攻进城，救出了萧赜。
南康郡相沈肃之带人追赶萧赜，结果被萧赜擒获，萧赜自号宁朔将军，占据南康郡起兵。
邓琬以中护军殷孚为豫章太守，督领五郡兵马（五郡：豫章郡、庐陵郡、临川郡、安城郡、南康郡），防御萧赜。
朝廷军和袁顗的部队在浓湖相持不下，龙骧将军张兴世就提出建议：叛军占据上流，兵强地胜，虽然我军可以与他们相持，但是想要胜出也不容易。不如以奇兵偷袭，见机而动，让他们首尾不相顾，进退两难，阻断中流，就等于断了他们的粮道。钱溪江岸最狭窄，离大军营地不远，又有横浦可以藏船，千人守险，万夫不能过。
沈攸之和吴喜都非常赞同他的建议。刚好庞孟虯引兵救援殷琰，刘勔派人紧急求援，建安王刘休仁打算派张兴世率兵去支援。
沈攸之不同意，他认为只需要派一名副将率数千人足可以抵挡孟虯。于是，建安王派了段佛荣率兵去救援刘勔，给张兴世配兵七千、两百艘快船，有另外的打算。
张兴世带着人逆流而上，然后又退回，如此反复好几天。刘胡听说以后，不但没有引起警觉，还嘲笑道：我都不敢越过敌军攻取建康，张兴世这种小人物，还能有什么作为呢。
有一半夜刮起了大风，张兴世扬帆直进，渡过巢湖口和白水口，过了鹊尾，刘胡才发现，他赶紧派胡灵秀率兵出战。
张兴世的部队暂停在景洪浦，派黄道标悄悄地率领七十艘快船直抵钱溪，扎下阵营，然后，张兴世再带着部队去了钱溪，胡灵秀根本无法阻止。
刘胡亲自带兵来攻打钱溪，将士们正打算出战，被张兴世阻止，他打算先避开敌人的锐气，仍旧令将士做好防守工作。
刘胡的部队更加的靠近，张兴世命寿寂之、任农夫率数百壮士出击，其他的部队也相继出战，刘胡大败而走。
当时张兴世的城防还没完全做好，建安王刘休仁担心袁顗也会来攻打钱溪，就命沈攸之和吴喜攻打浓湖，以分散叛军的势力。
刘胡率两万步兵、铁骑一千，打算再次攻打张兴世。在离钱溪数十里的地方，因为浓湖被攻打告急，袁顗只好去追击沈攸之和吴喜，钱溪城因此解除了危险。
刘胡让人放出谣言说钱溪城已被攻破，士兵大惧，沈攸之说：这肯定是谣言，如果钱溪被攻占，至少会有逃亡出来的士兵，一定是敌人失利，故意造谣以迷惑我方。
沈攸之下令军中士兵不许妄动，果然，没多久，钱溪的捷报就到了。沈攸之又派人把钱溪得胜的消息传送到浓湖，袁顗惊惧不已。
张兴世占据了钱溪以后，浓湖的叛军缺少粮食，邓琬害怕张兴世，不敢给往浓湖送粮。
刘胡率四百艘快船，打算从鹊头内路攻打钱溪（鹊洲在长江中，江水分流，所以分内路和外路）。后来又说自己不熟悉水战，就托病留在鹊头不再进兵，派龙骧将军陈庆率三百艘快船兵向钱溪，并且交待陈庆，不需要交战，说张兴世会自行退走。
陈庆到了钱溪以后，屯兵在梅根，刘胡派副将王起攻打张兴世，结果被张兴世打败，刘胡急忙退回，派安北府司马沈仲玉带人从陆路往南陵运军粮。
沈仲玉到了南陵以后，载着三十万斛粮食，数十船钱布，走到贵口时，不敢再继续前进，然后派人报信给刘胡，让他派大军前来接应。
张兴世知道后，派寿寂之和任农夫带着三千人到贵口袭击沈仲玉，沈仲玉逃回袁顗的营地，刘胡的部队惊惧，他的将领张喜归降了朝廷。
镇东中兵参军刘亮进兵逼近刘胡的营地，刘胡抵挡不住，袁顗更加害怕，刘胡骗袁顗，说自己要带人去攻取钱溪，还让袁顗选马配给他。
刘胡先去了梅根，先让薛常宝发出南陵部队，放火烧了大雷戍的城池，然后逃走。
到了夜里，袁顗才知道这件事，他大骂刘胡，让人牵来他的快马，对众人说要亲自去追击刘胡，实际也是逃走了。
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建安王刘休仁带兵进入袁顗的营地，收降十万士兵，派沈攸之去追击袁顗。袁顗走到鹊头时，和薛伯珍带着数千人准备去寻阳。
第二天一早，薛伯珍屏退左右，说要和袁顗谈事情，结果手起刀落，将袁顗斩杀，将人头送给钱溪军主俞湛之，俞湛之又杀了薛伯珍，将他们的人头一并送走，自己占据了大功。
刘胡到了寻阳以后，诓骗晋安王刘子勋，说袁顗已归降朝廷，部队溃散，然后带人去了沔口。
邓琬听说刘胡离开，无计可施，就喊来中书舍人褚灵嗣等人商量，但是众人也不知道该怎么办。
张悦假称生病，派人喊邓琬来议事，他事先命人埋伏在军帐后，约定好：如果听到我说拿酒来，就出来杀掉邓琬。
邓琬到了以后，张悦问他接下来该怎么办，邓琬说要斩杀晋安王刘子勋，然后封存府库，向朝廷请罪。张悦立即喊道：拿酒来，他的儿子张洵提刀出来，将邓琬斩杀。
中书舍人潘欣之听说邓琬已死，带兵赶到，张悦派人告诉他，邓琬谋反，已经被斩。张悦又杀了邓琬的儿子，带着邓琬的人头归降了建安王刘休仁。
邓琬死了以后，寻阳大乱，蔡那的儿子蔡道渊当时被扣押在寻阳城外，他解开锁链进城，抓住晋安王刘子勋，将他关押起来。
沈攸之的部队到了寻阳后，将刘子勋斩杀，人头传送到建康，这时的刘子勋才11岁而已。
刘休仁到了寻阳以后，派吴喜和张兴世发兵荆州；沈怀明兵向郢州；刘亮和张敬儿兵向雍州；孙超之兵向湘州；沈思仁、任农夫兵向豫章，平定其余的叛军。
刘胡逃到石城以后，也被抓捕斩杀。郢州行事张沈化妆城沙门逃走，最后也被抓获斩杀。荆州行事刘道宪听说浓湖已平定，就解散了部队，派人向朝廷请降。荆州治中宗景率兵进城，杀了刘道宪，抓了临海王刘子顼，向朝廷请降。
孔道存知道寻阳已平定，也派人向朝廷请降。宋明帝很看重何慧文，认为他兼备将吏之才，就让吴喜宣旨赦免了何慧文，何慧文不肯苟活，自杀身亡。
宋明帝下令赐死了安陆王刘子绥、临海王刘子顼、邵陵王刘子元，刘顺以及在荆州的余党也全部伏诛。
诛杀了刘子勋等人，宋明帝还像之前一样对待孝武帝刘骏的儿子，也就是他的侄子。刘休仁从寻阳回朝以后，向宋明帝建议，尽早除掉松滋侯兄弟。
于是，宋明帝又下令赐死了松滋侯刘子房、永嘉王刘子仁、始安王刘子真、淮南王刘子孟、南平王刘子产、庐陵王刘子舆、刘子趋、刘子期、东平王刘子嗣、刘子悦、镇北谘议参军路休之、司徒从事中郎路茂之、兗州刺史刘祗、中书舍人严龙。（路休之和路茂之，都是路太后的侄子；松滋侯等人都是孝武帝刘骏的儿子。）
至此，孝武帝刘骏的28个儿子没有一个活着的了，刘休仁竟然让宋明帝做这样的事，宋明帝也是心狠手辣，对待至亲骨肉可以如此。
这场南朝宋内部的兵乱结束了，最终以朝廷得胜而告终，因为晋安王刘子勋在寻阳称帝时，改年号为“义嘉”，所以称作“义嘉之乱”。
宋明帝虽然取得了内部的胜利，但是平乱以后，他做了一个错误的决定，就是继续向淮北进兵，导致淮北、淮西五州全部落入北魏手中，南北间的实力发生了巨大的转变。