东汉末年，爆发了中国历史上规模最大的黄巾军起义，为平息叛乱，各地豪强以讨伐起义军为旗号，拥兵自重，最终起义失败，但也形成了军阀割据的局面，战乱不止。及至魏、蜀、吴三国鼎立，战事稍平，三国各自的确立行政区划，都基本上沿袭汉制，地方行政区划分为州、郡、县三级，另有王国，级别等同于郡。
《三国志》记载梁孝王墓曾被曹操盗掘，东汉末年，三国乱世，为筹措军饷，曹操特设摸金校尉、发丘中郎将，亲自指挥盗掘梁孝王墓，破棺裸尸，收金宝万斤，运七十二船，竟能供养军队三年开销，由此可见梁孝王墓陪葬之丰厚，岂止以富可敌国来形容。曹操也成了盗墓贼的祖师爷。
三国时期商丘属于魏国的豫州辖下之梁国，是郡一级的王国，在豫州是较小的一个行政区划，东西长南北窄，西边到今天的民权宁陵两县交界处，东边到下邑（今砀山）和砀县（今永城北），南边到今天睢阳区宋集镇，北边到孟诸泽北岸（现在的曹县）。梁国的西边为陈留国，南边为谯郡，面积分别为梁国的两倍和三倍，梁国的北边为济阴郡，东边为沛国，面积与梁国相当。
梁国的都城称睢阳，在睢水北岸，今商丘市睢阳区南。梁国域内的主要县有蒙县（今商丘市梁园区北）、虞县（今虞城县北）、宁陵、鄢县（今宁陵南柘城北）、下县（今砀山）、砀县（今永城北）。域内大的河流有睢水、获水，湖泊有孟诸泽。
西晋时期的行政区划设置沿袭三国时期，地方行政区划仍为州、郡、县三级，王国相当于郡，公国、侯国相当于县。
该时期，商丘仍属梁国，梁国属于豫州，豫州的治所在陈县（今周口淮阳），梁国的都城在睢阳。梁国区域有所改变，变成西南东北较长且成亚腰葫芦状，西南到颍河，最西部到今天周口扶沟，最南端到鲖阳（今河南淮滨）北，北部东部为三国时期的梁国疆界，而中间最窄处在现柘城一带，西北东南相距不足百里。西晋时梁国的县级行政单位除了三国时期的外，还有陈县（今周口淮阳）、苦县（今周口鹿邑）、项县（今周口沈丘）、阳夏（今周口太康）、武平（今柘城南鹿邑西北老王集一带）。
从东汉末年开始，有些能力和财富的人都顺河而下，越长江入吴越之地。有一个梁国科学家就是一例：杨泉，字德渊，西晋梁国睢阳（治今河南商丘睢阳区）人。他早年在战乱时期自梁入吴，太康元年（公元280年），西晋灭吴以前，杨泉居于会稽。在吴时，他不愿做官，未曾出仕。入晋，会稽相朱则曾向晋武帝上书，称“杨泉清操自然，征聘终不移心”。晋朝廷“诏拜泉郎中”，不就。杨泉终生不与门阀士族阶级合作，常年隐居，不求闻达，那时风气是崇尚清谈，杨泉却反其道而行之，深究“自然之体”和“自然之理”。他从研究天文、地理、工艺、农业、医学等自然科学出发，提出了“所以立天地者，水也；成天地者，气也”的命题，著作有《物理论》、《太玄经》等哲学著作。史书上没有他的传记，关于他的生卒年代、家庭身世及生平事迹，已无从查考。这也是中国尚文轻理的老传统了，科学家的地位一直比艺术家甚至优伶要低。
北魏时，商丘属徐州梁郡。北魏本来就是一个北方的拓跋鲜卑部建立的政权，但却有一统天下的雄心壮志，后移都洛阳，改姓汉姓，采用汉朝的儒家思想，同时引入佛教，以稳定人心；派兵平定北方，击败柔然等游牧民族，边防安定。那时候北魏征兵，就产生了巾帼英雄花木兰的故事。
花木兰作为替父从军的女英雄形象，为世代人传颂，也有不少关于她出生地的传说。唐朝诗人杜牧写有《题木兰庙》一诗：“弯弓征战作男儿，梦里曾经与画眉。几度思归还把酒，拂云推上祝明妃。”这说明木兰的故事在唐代已经脍炙人口了。杜诗里的木兰庙在今河南商丘市虞城县，至今还有木兰祠、木兰墓和将军坊等遗址。有木兰山、将军冢、忠烈庙。杜牧还有一首诗《过大梁闻河亭方宴赠孙子端》：“梁园纵玩归应少，赋雪搜才去必频。板落岂缘无罚酒，不教客右更添人。”想来这两首诗应是杜牧来梁园游历时写下的。
木兰祠始建于宋代，金代泰和年间（公元1201-1208年），敦武校尉归德府谷熟县营郭镇酒都监乌林答撒忽剌又重修大殿、献殿各三间，并创塑了花木兰像。现幸存祠碑两通。一是元代《孝烈将军像辨正记》碑，立于该祠大门内东侧；另一通是清朝《孝烈将军辨误正名记》碑，立于该祠大门外西侧；通高2.14米，宽0.78米，方座，碑额刻有深浮雕盘龙，篆字题名，碑文正书，归德府商丘县庠生孟毓谦撰文，归德府商丘县邑大学生孟毓鹤书丹，芒山石工张握玉刻石。
现在虞城县每年都举行木兰文化节。
当时，单一农耕成为黄河下游地区唯一生产方式。在这种农耕经济思想指导下，不断无序地开垦一切可耕土地，并且大兴水利以维持农业的高产，引起环境和产业结构的变化。魏晋南北朝时期，虽因游牧民族的进入，单一农耕经济有所变化，但汉化是当时各民族政权的共同倾向，加强农耕经济成为政权能否站住脚的关键。所以当政权稳定以后，首要任务仍然是扩大农耕地，如北魏、前秦等。
这一时期，由于战乱不断、朝代频繁更替，北方游牧民族不断南侵带来社会的动荡不安，带来了又一次人口大迁徙，最主要的一条线路就是沿淮河流域主要支流如颖、涡、睢、汴、泗等水路，一路向南；起点是西晋、十六国和北朝经济文化最发达、人口最稠密的地区，终点是东晋、南朝政治中心所在和经济文化最发达的地区。这一时期对于普通老百姓而言，只能在战争的拉锯中备受煎熬，要么是忍辱负重在故土苟且生存，要么是背井离乡去寻求出路。
比如说南朝骈赋大家江淹、名噪南朝的诗人江总为代表的江氏文化氏族（均系今商丘市民权县人），就是迁移户；江淹是南朝颇有影响的骈赋大家，历仕宋、齐、梁三个朝代，江淹才思横溢，诗赋精工倩丽，构思新颖，文风苍劲峭拔，脍炙人口，《别赋》、《恨赋》最为著名，世人有口皆碑，也为后人称道不已。江总，南朝陈大臣，文学家，善撰文，著有《江令君集》32卷。
江淹墓位于河南省商丘市民权县城北黄河故道北岸的程庄镇岳庄村西。墓冢高1.5米，周长10米，墓前有石碑一通，为明成化年间所立，上书：金紫光禄大夫醴陵侯江文通之墓。陵园内有一砖坊，两边各有石碑，记载江淹生平及江氏后代重修碑记和名录，为民权县八景之一。
（未完待续···）